Dem Manga liegen die Abenteuern der Lagoon Company zugrunde, einer Gruppe von Söldnern, die Güter durch die Gewässer vor Südostasien schmuggeln und gelegentlich auch andere Aufträge annehmen. Die Büroräume befinden sich in der fiktiven Küstentadt Roanapur in Thailand, als Transportmittel dient ein PT-Schnellboot aus dem Zweiten Weltkrieg, die Black Lagoon. Die Lagoon Company arbeitet für mehrere Auftraggeber, hat aber eine besondere Beziehung zum russischen Verbrechersyndikat Hotel Moscow. Die Zeit zwischen zwei Aufträgen verbringen die Charaktere hauptsächlich im Lokal The Yellow Flag, einer Bar in Roanapur. Zur Gruppe gehören der hühnenhafte Schwarze Dutch, der als Anführer der Gruppe die Entscheidungen trifft und das Schiff steuert; die schießwütige Chinesin Rebecca („Revy“), die als Kämpferin aktiv ist und meisterhaft den Umgang mit der Pistole versteht sowie der stille, etwas zerstreute aus Florida stammende Computerspezialist Benny. Revy als auch Benny wuchsen in New York auf, wo auch die oft durch vulgäre Ausdrücke glänzende Revy ihre Fertigkeiten an der Pistole erlernte. Ausgebildet wurde sie dabei wohl von den chinesischen Triaden.

Den Einstieg in die Handlung bildet die Entführung des braven Büroangestellten Rokuro Okajima, der für seine japanische Firma eine wichtige Diskette per Schiff nach Borneo bringen soll. Dabei wird er von der Lagoon Company, die im Auftrag der russischen Mafia arbeitet, überfallen und als Geisel genommen. Nachdem seine Firma ihn kurzerhand für tot erklären lässt und Rokuro keinen Grund sieht, nach Japan zurückzukehren, schließt er sich der Gruppe an und erhält den Spitznamen Rock.

Revy entwickelt Gefühle für Rock, die sie aber aufgrund ihrer Welthaltung nie zugeben würde.