Intro 

Diese hässliche, doch schöne Welt – ein Titel wie er passender nicht sein könnte, auch wenn er sich erst gegen Ende des Anime offenbart. Die Serie beginnt mit einer Introrede: Die Menschheit erlebte schon viele Ereignisse, die sie an den Rand der Vernichtung führten, doch die schlimmste steht ihr noch bevor…

Episoden 1-4 (Ausgangssituation) 

Auf einer ihrer Lieferfahrten erscheint den Freunden Takeru und Ryou ein heller Lichtstrahl am Himmel, der in den Wäldern zu Boden prallt. An der Einschlagstelle finden die beiden ein nacktes Mädchen vor, das sich aus dem Licht entwickelt und sich sofort mit Takeru verbunden fühlt, denn er ist ihr erster Mensch und wie man später erfährt wurde sie an seinen Wünschen und Vorstellungen orientiert als Mensch geschaffen. Doch mit dem Mädchen taucht ein Monster auf, eine riesige Bestie, das wie eine Fusion aus Riesenkäfer und Dinosaurier erscheint. Bei dem Versuch das Mädchen zu beschützen schafft es Takeru sich auf zunächst unerklärliche Weise zu verwandeln und erhält so übernatürliche Kräfte, um das Monster zu besiegen. Er nennt das Mädchen Hikari – Licht – und schwört sie immer zu beschützen. Anschließend bringt er sie mit nachhause, wo sich vor seiner Familie und seinen Freunden und Mitbewohnern herausstellt, dass sie aus dem Weltall kommt, jedoch keinerlei Erinnerungen hat. Alles was sie kennt ist eine tiefe Liebe zu Takeru. Von nun an lebt sie bei ihm und lernt Schritt für Schritt die guten und schlechten Seiten des Lebens kennen, wobei sie eine stets fröhliche Person ist und Takeru sie unbedingt glücklich machen möchte.
Einige Tage später. Ryou, der auch gewisse, wenn auch eher passive, Kräfte in sich entdeckt (sie werden nicht genauer gezeigt) trifft im Wald ein Mädchen, das dort, nur mit einem lockeren, kurzen Kleidchen bekleidet, alleine mit einem kleinen, unbekannten Phantomwesen namens Kwan lebt. Es stellt sich heraus, dass sie ein Teil von Hikaris Lichtstrahl war, sie ist jedoch noch wesentlich unschuldiger und unwissender als diese. Ryou nennt sie Akari und lässt sie bei sich wohnen. Hikari und Akari sehen sich von nun an als Schwestern an und Ryou entwickelt eine ähnliche Bindung zu Akari wie Takeru zu Hikari.

Episoden 5-9 (Das Leben auf der Erde) 

Als Hikari mit Takeru und Co. zum ersten Mal die Schule besucht stellt sie fest, dass es dort wesentlich langweiliger ist als sie dachte. Bei einer Feuerübung verwandelt sich Hikaris Charakter (und ihre Augen) in eine Art dämonisches Wesen. Sie beabsichtigt die Schule einzureißen, hält innerhalb des Gebäudes eine Hand an die Wand und das Gebäude implodiert. Als Takeru, der sich wegen der Übung mit den anderen draußen befindet, Hikari (die wieder „normal“ ist und keine Erinnerungen an ihre Tat hat) im Schutt sucht, wird diese von einem großen Roboter umfasst, der sich Ioneus nennt und sich als ihr Beschützer und Diener ausgibt. Seine Existenz ist wie die von Kwan an einen blauen Kristall gebunden. Anschließend erlebt Hikari wieder einige der guten und schlechten Seiten des Lebens: Takeru möchte sie unbedingt glücklich machen und bereitet ihr viel Spaß, doch nach einem Ausflug ist sie dennoch traurig, denn schöne Momente enden irgendwann. Tage darauf sieht sie im Fernsehen, wie sich Leute küssen, doch Takeru ist schüchtern und sie fühlt sich nicht von ihm geliebt, so wie sie es tut. An dieser Stelle setzt ihr dämonisches Ich wieder ein und ein weiteres Riesenmonster taucht auf. Anschließend erlebt man wie sich Hikari in die Stadt eingelebt hat und alle sie mögen, jedoch findet sie nach einem Festival ihren lieblich zirpenden Käfer tot vor, was sie mit starker Trauer erfüllt – auch wenn Käfer eben nicht lange leben. In einer Vision spricht ihr anderes ich zu ihr, das ihr ihre Bestimmung verkündet: Das Leben auf der Erde auszulöschen, so, wie sie es schon viele Male getan habe. Dieser Gedanke versetzt sie in Angst, doch ihre Erinnerungen erwachen. Während sich Takeru Ideen für die Zukunft ausmalt, findet Hikari plötzlich nur noch wenig Spaß am Leben. Derweil entwickelt sich eine weniger komplexe, idyllische Bindung zwischen Akari und Ryou.

Episoden 10-12 (Die Apokalypse droht)

Hikari und Akari, die ein Wesen sind, beraten sich und entscheiden, dass die Erde ein schöner Ort ist, doch Hikari kann ihrer Bestimmung nicht entfliehen, denn ihre Vision bereitet ihr starkes Unbehagen. Als Takerus alte Freundin ihr nun endgültig den Kampf ansagt (hinsichtlich Takerus Liebe), und sie dann Hikari auch noch schlägt, als diese sie in ihrer naiven Unschuld nicht versteht, erwacht ihr dämonisches Ich erneut. In diesem Moment taucht ein weiteres Monster auf, das Hikari mit einem einzigen Energiestoß restlos vernichtet. Jessy, eine Mitbewohnerin von Takeru, die in einem geheimen Forschungsinstitut arbeitet und Hikari ausspioniert, enthüllt: Die Monster sind eine Schutzreaktion der Erde, um sich gegen die drohende Apokalypse zu verteidigen, dazu zählt auch Takerus Verwandlung. Somit sind seine Kräfte da, um Hikari, die er liebt und beschützen wollte, zu vernichten. Ioneus ist ein Gehilfe Hikaris, der ihr endliches Erwachen begrüßt. Hikari versteht sich nun als „Todesgöttin“ und sieht Takerus Liebe nur als allgemeine Höflichkeit an, seine Fürsorge nur als Methode, damit er nicht durch ihr Weinen belästigt ist – es wäre alles nur für ihn selbst und er mache anderen etwas vor. Anschließend sieht sie in seine schmerzliche Vergangenheit: Von seiner Mutter verstoßen und mit einem Leben, ohne Liebe erfahren zu haben, könne er niemals selbst lieben. Takerus Kräfte erwachen und durch den psychischen Schmerz sagt sein Instinkt ihm, sie zu töten, während Akari ebenfalls einschreiten will, doch Ryous eigene Kräfte erwachen und er dringt in Takerus Psyche ein und besänftigt beide. Takeru ist nun entschlossen, Hikari aufzuhalten, doch ohne Gewalt. Er will sie von der Aufrichtigkeit seiner Liebe überzeugen und damit auch vom Wert der Menschen auf der Erde. Während Ioneus mit der Zerstörung der Erde beginnt, küsst Takeru Hikari (wenn auch eher „gewaltsam“) und ihre beiden Persönlichkeiten verschmelzen - das Bewusstsein über ihre Pflicht und die Liebe zu Takeru und den Menschen. Währenddessen bildet sich ein riesiger Schwarm roter Schmetterlinge – das Leben, das auf seinen Platz auf der Erde nach der bevorstehenden Auslöschung wartet. Hikari und Takeru sowie Akari und Ryo müssen nun einen traurigen Abschied nehmen, denn auch wenn sie auf der Erde bleiben wollen, müssen sie dieses neue Leben auf eine andere Welt geleiten.