Hintergrund

Die Serie spielt in einer Alternativweltgeschichte, in der der Kalte Krieg noch nicht zu Ende ist. Geheimorganisationen wie beispielsweise der KGB sind immer noch existent und treiben ihr Unwesen.

Die Handlung folgt den Protagonisten Sousuke Sagara, einem übermäßig disziplinierten Mitglied der Geheimorganisation Mithril (ミスリル), die des Öfteren unter dem Deckmantel der UN operiert, und Kaname Chidori, der Oberschülerin, die er beschützen soll.

Kaname ist offenbar eine der Whispered, d.h. sie besitzt ein angeborenes Verständnis über sogenannte Schwarze Technologie, welche der Zeit 10 Jahre voraus ist. Dieses Wissen wird genetisch nach der Geburt implantiert, was Kaname anfangs nicht bewusst ist, und auf das sie nur in einem nahkomatösen, ekstatischen Zustand (welcher normalerweise durch Angst vor Gefahr ausgelöst wird) Zugriff hat.

Ein Beispiel für Schwarze Technologie ist der Lambda Driver, einer Erweiterung für Arm Slaves (Kampfmecha, eine haushohe, roboterartige Kampfmaschine), die es dem Piloten erlaubt, intensiven Verlangen in offensiven und defensiven Manövern Ausdruck zu verleihen (z. B. das Verlangen, jemanden zu beschützen).

Verständlicherweise ist eine solche Technologie sowohl für Terroristen als auch für die Staatsgewalt verschiedener Länder interessant.

Handlung 

Der junge Sergeant Sousuke Sagara wird von der international agierenden Organisation Mithril (ミスリル, Misuriru) beauftragt, die Oberschülerin Kaname Chidori vor Terroristen zu schützen.

Da Sousuke aber bereits in seiner Kindheit Söldner in Helmajistan (in Full Metal Panic das Äquivalent zu Afghanistan) war, mangelt es ihm an gesundem Menschenverstand. So kommt es, dass Sousuke, der beim Militär ein ausgezeichneter Arm Slave-Pilot ist, des Öfteren Situationen missinterpretiert und diese mit Waffengewalt oder Sprengstoff zu lösen versucht. Die Handlung zeigt dabei immer wieder die Kontraste von Kanames Welt, der Schule und dem „normalen“ Leben, und Sousukes Welt, dem Militär und dem Krieg. Während Kaname in Sousukes Welt häufig von großem Nutzen ist (bedingt durch ihre außergewöhnliche Begabung), hat Sousuke massive Probleme sich in der „normalen Welt“ zurechtzufinden.

Das Leben in der Schule macht jedoch nur einen Teil des Anime aus und wird in der Nachfolgerserie Full Metal Panic? Fumoffu komödienlastig dargestellt. Den bedeutenderen Teil der Serie ist Sousuke als Soldat und Pilot des Arbalest, einem mit Lambda-Driver ausgestatteten Arm-Slave tätig. Dabei trifft er immer wieder auf Gauron, einem Gegner, den er schon in seiner Kindheit in Helmajistan bekämpfte und der über einen gleichwertig ausgerüsteten Arm-Slave verfügt. Letzten Endes gelingt es Gauron Mithrils Kommando-U-Boot, die Tuatha De Danann, zu übernehmen, welches unter dem Kommando von Teletha (Tessa) Testarossa und als mobiler Stützpunkt dient. Gemeinsam mit seinem Team - Sergeant Kurtz und Major Mao - und der Hilfe von Kaname gelingt es ihm jedoch, das U-Boot zurückzugewinnen und Gauron schließlich zu besiegen.