Der 10-jährige Negi Springfield, ein Magier aus Wales (Großbritannien), wird nach Japan geschickt, um dort Englisch zu unterrichten. Negi bemüht sich in Japan um Respekt und Anerkennung seiner Klasse, die aus 31 Mädchen besteht. Er versucht zu verheimlichen das er ein Magier ist , jedoch wird er bald von immer mehr seiner Schülerinnen enttarnt, die, wie sich herausstellt, größtenteils selbst eine mysteriöse Geschichte haben, so befinden sich unter den Schülerinnen unter anderem weitere Zauberer, ein Vampir, ein Roboter, Ninjas und sogar eine Zeitreisende vom Mars.

Die Geschichte und deren Verlauf entwickwelt sich im weiteren recht kompliziert: Das Grundthema ist Anfangs die Schulgeschichte, wechselt dann aber zu einer magie- und actionbetonten Suche nach Negis verschollenem Vater. Dabei wird diese Geschichte fast nie direkt als solche vorangetrieben, sondern in viele einzelne, mal nur wenige Seiten, mal mehrere Bände umfassende Handlungsbögen aufgeteilt, die teilweise miteinander verknüpft sind, teilweise aber auch alleine stehen. Sehr viel Zeit wird dabei jeweils in die Entwicklung und Beschreibung der beteiligten Personen und ihre Beziehungen miteinander gesteckt, was den eigentlichen Hauptteil der Bücher ausmacht. Dadurch kommt die Hauptgeschichte, wenn man sie überhaupt als solche bezeichen kann, nur sehr langsam voran, sie dient eher als roter Faden, der sich durch die ganzen Handlungsbögen zieht.

Magister Negi Magi folgt Anfangs dem typischen Muster bisheriger Mangas von Ken Akamatsu: Eine männliche Person trifft auf eine größere Gruppe Mädchen und sorgt durch seine Unbedarftheit für Unruhe und Chaos, aber trotz seiner manchmal schwierigen Art schließen die Mädchen ihn in ihr Herz. Wie in Love Hina wird mit Fanservice auch hier nicht gespart, obwohl in Magister Negi Magi eher die Action und die Geschichte um den Tausendmeister im Vordergrund steht.